Linux基础
选择 Linux 还是 Windows？这个话题曾经在网上吵得很热，也许现在还有人在争论。一般而言，使用 Linux 的 优势要远远高于使用 Windows，原因简单列举如下：[1]
大多数科研专用的软件都是在 Linux 下开发的，然后再移植到 Windows 下，因而这类软件在 Windows 下 相对来说有更多的 Bug；很多开源的代码是在 Linux 下写的，然后用 gcc 或 gfotran 编译的。理论上，只要程序写的时候考虑的可移植性，在 Windows 下编译是没有问题的，但实际上大多数代码都需要经过一番修改；Windows 自带了批处理工具（Batch）以及 Shell（PowerShell），可以用于完成数据的批处理； 但前者功能太单一，后者用的人又很少，所以两者都不是合适的选择；Linux 下自带了多种 Shell（Bash、csh、zsh），以及多个适合数据处理的工具，非常适合用于科研。要学习 Linux，首先要选择合适的发行版：Ubuntu、Debian 和 Fedora 应该算是比较适合新手的发行版。刚 接触 Linux 的新手可以考虑在虚拟机中安装不同的发行版，每个都尝试一下，找到最适合自己的就好。选择好发 行版之后，还要对发行版的版本代号有一些了解。以 Ubuntu 为例，对于 12.04 和 14.04 是长期支持版，支持周期 为 5 年，而其他版本的支持周期只有一年多。我遇到不少目前还在用 Ubuntu 13.10 的人，（13.10 在 2014 年 7 月 便不再被支持）。这就是在给自己挖坑，系统用的时间越长，重装的代价就越高，想要重装的欲望就越低，重装时 数据丢失的风险也越大。
接下来要选择合适的入门书籍：国内推荐的比较多的是《鸟哥的 Linux 私房菜 – 基础学习篇》，个人觉得其语言过于啰嗦，知识点对于新手来说稍显繁杂；另一本推荐的比较多的是开源的《The Linux Command Line》， 该书有中文译本。注意，要读的是介绍 Linux 的书，而不是任何介绍 Linux 发行版的书。
对于 Linux 入门需要了解的知识点包括：
了解 Linux 的历史，以及 Linux 与各个发行版之间的联系；熟悉 Linux 的目录树，习惯使用命令行，掌握基本命令 cd 、 pwd 、mkdir 、 rmdir、 ls 、 cp、 rm 、 mv 的基本用法；理解绝对路径和相对路径；理解环境变量 PATH 的作用；理解 Linux 文件权限 rwx ，掌握 chmod 命令；其他几个有用的命令： cat 、 touch 、 head 、 tail 、 which 、 locate ;符号链接 ln 与挂载 mount ；了解最基本的 vi 编辑器的使用，因为很多时候 vi 是服务器上唯一能使用的编辑器；掌握至少一种高级编辑器的使用，如 vim、emacs、sublime text、atom。怎样才叫掌握？这个问题 没有标准答案，选择其中一个一直用下去，遇到需要重复劳动或者不顺心的地方就去找各种插件配置一下。 像 gedit 这种编辑器不用也罢，用它来写程序效率太低；理解 ~/.bashrc 文件的作用；理解并学会使用数据流重定向；理解管道的作用及其用途；Linux 通配符；掌握压缩相关命令 tar 、 gzip 、 bzip2 ，其实最主要的是 tar 命令的两种常用方式： -zxvf 和 -jxvf ；与数据处理相关的命令： awk 、 cut 、 grep 、 wc 、 sort 、uniq ；PS：严格地说， awk 已经不单单是一个命令，更像是一种微型语言了。Bash 及其相关
Bash 其实本身只是一个空壳，具有最基本的条件判断和循环功能。除此之外，日常需要的数据处理、字符串处理， 都需要借助于 Linux 下的其他命令，比如 cat 、 awk 、 grep 、cut 、 paste 等等。 因而除了 bash 脚本自身的功能以外，还需要了解的工具包括:
awk ：文本处理工具；sed ：流编辑器printf ：格式打印；grep ：正则表达式匹配；正则表达式；在科研过程中不推荐使用 Bash 脚本，因为 Bash Shell 与 awk 等命令本质上是独立的个体，二者在设计上有很多 不一致的地方，且 awk 等命令在设计的时候明显有向 Shell 妥协的意味。总之，Bash 脚本中坑比较多，仅仅适合 用几行就可以搞定的情况
Perl 或 / 和 Python
Perl 和 Python 是另外两种常见的脚本语言。在学会了 Bash 脚本以及相关的各种工具之后为什么还要学习新的 脚本语言呢？因为 Bash 虽然作为 Linux 下最底层最常用的脚本语言，但是其功能过于依赖于外部工具，且难以 实现更加复杂的功能。Perl 和 Python 可以完全自给自足，其内部完全实现了 awk、grep 等工具的功能， 且速度很快，更重要的是 Perl 和 Python 具有模块功能，可以从网上下载各种别人已经写好的模块来实现几乎 所有自己想要的功能。因而 Perl/Python 实际上比 Bash 功能更强大，学起来也并不难。如果有心学习 Perl/Python 的话，可以简单了解 bash 相关知识，然后直接进入更高级的脚本语言。
就目前的情况来看，Perl 适合日常的简单的数据处理，而 Python 适合完成各种复杂的工作同时也适合进行 科学计算。对于新手，更推荐学习 Python。当然最好 Perl 也稍微懂一些。
对于Python的学习，可以参考菜鸟教程。
以上，编辑于 2019.09.22 晚上
最近使用了Linux，新的体会：
方便的数据处理：打乱shuffle，排序sort，取前几个数head，取后几个数tail，取某列数awk可以自动打开一个窗口，变相并行计算：（待补充）gcc用于编译C语言，g++用于编译C++语言Python的使用很方便，可用于基本的计算和绘图，以及充当胶水语言。同时，它易读，是众多机器学习和深度学习框架的常用语言。它的安装，使用Anaconda即可；其他需要的包例如Pytorch另行安装。以上，编辑于 2022.05.03 凌晨
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