题主核心点在为何现在看到的煤中有机质含量如此之高或者说灰分如此之低，先说答案：当前主流认识是沉积的时候就是这么高的有机质含量，及这么低的灰分含量，后期无机物并没有多大改变。煤这个名词本身就自带低灰分属性。比如有机质含量在百分之60以上称之为煤，那些灰分高于百分之四十的只是叫做炭质泥岩，或者说高炭泥岩，这些有机质含量在百分之十至百分之四十炭质泥岩在自然界很多，但数量来说远小于煤，煤作为一种聚集有机质和一种沉积岩，是有它的特殊性。另外，无论哪种煤都含有灰分，我见过的最低的是百分之一，最高的就是上面说的百分之40，灰分含量再高点就考虑给它换个名称了，炭质泥岩或者夹矸，前面已经提及。
虽然说问题包含了成煤与煤结构演化，但煤结构演化一块基本已经清楚，同时也比较容易理解，其实就是脱氧脱氢，芳构化秩序化的过程，无机质只是稍微有些改变，部分矿物质会形成比如黄铁矿，还有裂隙中石英方解石充填，或者粘土矿物发生转化，但不会有特别大的改变，并不能解答题主的疑惑。所以这个问题的关键在于成煤理论，煤炭是怎么沉积的，为何沉积中无机质含量这么低，以沉积学的基本观点来看稍微有些不可思议，这也给学习者带来较多的困扰。
诚然，现在的成煤理论不算完善，主流的成煤理论是原地成煤理论，另外亦是有异地成煤理论和微异地成煤理论，异地成煤理论支持点在于个别成煤物质发生了搬运现象。不过原地成煤理论与异地成煤理论都认为煤沉积的时候有机质含量就是很高，很少有矿物质进入。
煤沉积过程是一层一层的植物遗体的堆积，前一批植物死亡后，后一批植物在死亡的遗体上继续生长，之后再倒下，新一批植物在此生长，实际上的泥炭沼泽的高度要略高于旁边的水位，也就使得外界的流水不能流入其中，而是再一旁绕过，泥炭沼泽内部的水主要靠降雨，这样外界的流水并不能携带泥沙进入沼泽，所以基本没有矿物质来源。厚煤层的沉积还要依靠地壳的稳定下降，使得沉下去一段时间的植物遗体在水面以下隔绝空气，不至于被彻底分解，巨厚煤层的形成是讲究天时地利人和。
（两侧是河流，中间凸起为泥炭沼泽）
（现今的事例）
（注意水流方向）
以上所述为偏向于陆相成煤理论，但对于海相如何成煤？煤炭的形成均变论与突变或者说灾变论各持什么观点，等有空的时候再继续更新。
草草回答，如有问题，敬请指出。
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